Magister Ilmu Alqur'an dan Tafsir menawarkan pendidikan akademik dan profesional dengan tujuan mencetak sumber daya manusia yang ahli di bidang pendidikan dan pengajaran. Selain pendidikan dan pengajaran keilmuan Islam, FU menawarkan pendidikan dan pengajaran keilmuan umum dengan tetap mengedepankan nilai-nilai Islam. Desain kurikulum, metode pembelajaran, dan para pengajar berkualitas menjadi keunggulan FU. Kini, FU menawarkan jenjang pendidikan di tingkat sarjana, magister, doktoral, bahkan profesi.